MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Clostridium perfringens SM101 plasmid pSM101A

Total Repeats: 157

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008263	AAG	2	6	102	107	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008263	CA	3	6	313	318	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
3	NC_008263	GGA	2	6	399	404	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008263	GAT	2	6	476	481	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008263	TAA	2	6	484	489	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008263	A	7	7	507	513	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008263	ATA	2	6	594	599	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008263	GAT	2	6	671	676	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008263	A	7	7	705	711	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008263	GCT	2	6	727	732	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_008263	TAA	2	6	886	891	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008263	ATA	2	6	918	923	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008263	GCT	2	6	931	936	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_008263	TA	3	6	947	952	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008263	TAAAA	2	10	957	966	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008263	ATTT	2	8	994	1001	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008263	TTTAA	2	10	1019	1028	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008263	AATT	2	8	1106	1113	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008263	AGA	2	6	1129	1134	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008263	TATT	2	8	1145	1152	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008263	A	6	6	1181	1186	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008263	T	7	7	1200	1206	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008263	ATTA	2	8	1209	1216	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008263	TTA	2	6	1681	1686	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_008263	TA	3	6	1695	1700	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008263	AGT	2	6	1707	1712	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008263	ATA	2	6	1717	1722	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008263	TAT	2	6	1727	1732	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008263	AAT	2	6	1734	1739	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008263	T	8	8	1778	1785	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008263	TAA	2	6	1805	1810	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008263	A	6	6	1826	1831	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008263	TAT	2	6	1850	1855	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008263	TAAT	2	8	1876	1883	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008263	AAG	2	6	1948	1953	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008263	GA	3	6	1988	1993	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008263	TA	3	6	1994	1999	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008263	A	7	7	2052	2058	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008263	A	6	6	2645	2650	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008263	A	6	6	2657	2662	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008263	T	6	6	2674	2679	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008263	TCT	2	6	2684	2689	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_008263	TTCCT	2	10	3753	3762	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_008263	TTTA	2	8	3772	3779	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008263	TA	3	6	3788	3793	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008263	TTTTG	2	10	3812	3821	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008263	ATAAAA	2	12	3827	3838	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008263	GAACG	2	10	3885	3894	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_008263	T	7	7	3900	3906	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008263	A	6	6	3952	3957	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008263	GAG	2	6	3971	3976	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008263	TTAG	2	8	4550	4557	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008263	AGG	2	6	4588	4593	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008263	A	6	6	4801	4806	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008263	A	7	7	4813	4819	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008263	T	7	7	4825	4831	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008263	A	6	6	4853	4858	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008263	TA	3	6	4869	4874	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008263	TAA	2	6	8413	8418	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008263	AT	3	6	8424	8429	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008263	AGTT	2	8	8457	8464	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008263	TA	3	6	8485	8490	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_008263	TAA	2	6	8497	8502	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008263	TGG	2	6	8510	8515	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008263	TAA	2	6	9097	9102	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008263	TAT	2	6	9107	9112	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008263	T	7	7	9112	9118	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008263	A	6	6	9171	9176	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008263	TAT	2	6	9177	9182	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008263	TA	3	6	9198	9203	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008263	ATA	2	6	9226	9231	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008263	A	7	7	9234	9240	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008263	A	9	9	9316	9324	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008263	TA	3	6	9345	9350	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008263	AATT	2	8	9364	9371	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008263	ATTG	2	8	9383	9390	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008263	AAG	2	6	9414	9419	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008263	ATA	2	6	9517	9522	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008263	T	7	7	9608	9614	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008263	AT	3	6	9619	9624	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008263	A	6	6	9639	9644	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008263	A	6	6	9683	9688	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008263	CAC	2	6	9699	9704	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
84	NC_008263	AGC	2	6	9709	9714	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_008263	CTT	2	6	9736	9741	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_008263	ATA	2	6	9758	9763	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008263	TAG	2	6	9770	9775	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008263	TGG	2	6	9790	9795	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008263	GT	4	8	9817	9824	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008263	GTA	2	6	9836	9841	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008263	AAGA	2	8	9866	9873	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008263	GTA	2	6	9966	9971	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008263	TAC	2	6	10003	10008	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_008263	G	8	8	10011	10018	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008263	TTGA	2	8	10060	10067	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008263	CAA	2	6	10072	10077	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_008263	A	7	7	10076	10082	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008263	A	7	7	10110	10116	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008263	AT	3	6	10119	10124	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008263	TATT	2	8	10139	10146	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_008263	AG	3	6	10149	10154	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008263	TA	3	6	10158	10163	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008263	AAG	2	6	10173	10178	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008263	AAG	2	6	10185	10190	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008263	TAT	2	6	10191	10196	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008263	TAC	2	6	10235	10240	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_008263	GGAA	2	8	10243	10250	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
108	NC_008263	AT	3	6	10281	10286	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008263	AGA	2	6	10304	10309	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_008263	ATA	2	6	10339	10344	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008263	A	7	7	10363	10369	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008263	ATA	2	6	10387	10392	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008263	AAGAAA	2	12	10395	10406	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008263	TAA	2	6	10472	10477	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008263	AGA	2	6	10517	10522	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008263	AT	3	6	10550	10555	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008263	ATA	2	6	10572	10577	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008263	CTAGA	2	10	10660	10669	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_008263	TAA	2	6	10704	10709	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008263	A	7	7	10713	10719	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_008263	T	7	7	10772	10778	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008263	TTAA	2	8	10835	10842	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008263	T	7	7	10867	10873	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008263	GTT	2	6	11464	11469	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_008263	ATC	2	6	11478	11483	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_008263	AAT	2	6	11493	11498	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_008263	ATA	2	6	11516	11521	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_008263	AAATT	2	10	11522	11531	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_008263	T	6	6	11570	11575	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008263	T	6	6	11613	11618	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_008263	TA	3	6	11659	11664	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_008263	ATT	2	6	11708	11713	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_008263	A	6	6	11726	11731	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_008263	T	6	6	11733	11738	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_008263	T	6	6	11752	11757	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_008263	T	7	7	11784	11790	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_008263	A	7	7	11851	11857	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_008263	TAA	2	6	11892	11897	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_008263	AAAT	2	8	11929	11936	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_008263	GTG	2	6	11981	11986	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
141	NC_008263	ATT	2	6	12000	12005	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_008263	T	8	8	12033	12040	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_008263	T	7	7	12046	12052	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_008263	T	6	6	12065	12070	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_008263	ATTTT	2	10	12075	12084	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_008263	A	6	6	12095	12100	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_008263	T	6	6	12117	12122	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_008263	A	6	6	12138	12143	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_008263	TGC	2	6	12150	12155	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_008263	ATT	2	6	12167	12172	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_008263	T	6	6	12183	12188	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_008263	TATT	2	8	12210	12217	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_008263	GAA	2	6	12227	12232	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
154	NC_008263	TTTA	2	8	12267	12274	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_008263	TAT	2	6	12319	12324	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_008263	T	7	7	12324	12330	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_008263	TA	3	6	12339	12344	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.